Het Ombudsdecreet van 7 juli 1998 legt de basisprincipes vast van de werking van de Vlaamse Ombudsdienst. Die werking wordt verder geregeld in ons Huishoudelijk Reglement
Het Klachtendecreet regelt de eerstelijns klachtenbehandeling door de Vlaamse overheidsdiensten. De Vlaamse Regering heeft de uitvoering van dat Klachtendecreet geregeld met een omzendbrief.
Met de Vlaamse secretarissen-generaal heeft de Vlaamse Ombudsdienst in 2000 een protocol afgesloten om de onderlinge relaties te regelen.
Het Protocol tot regeling van de bescherming van de klokkenluiders werd met de Vlaamse Regering in 2005 afgesloten.